IFIMAV cuenta con 30 grupos de investigación (15 consolidados, 8 clínicos asociados, 5 emergentes y dos grupos transversales) y alrededor de 415 profesionales, de los que 60 son investigadores principales.

Las líneas de investigación se integran en las áreas siguientes: cáncer, neurociencias, enfermedades infecciosas y sistema inmune, trasplantes de órganos y tejidos y nuevas terapias, y metabolismo, envejecimiento y hábitos de vida, y un área transversal.