1. Diseminación de la resistencia a antibióticos, tanto  en bacterias Gram-negativas como en bacterias Gram-positivas. Caracterización de Mecanismos de Resistencia a los antimicrobianos: beta-lactámicos, fluoroquinolonas, aminoglucósidos, glucopéptidos. Los  objetivos de esta línea incluyen:

1. Caracterizar los mecanismos bioquímicos de resistencia a los principales grupos de antimicrobianos de uso clínico.
2. Caracterizar los elementos genéticos implicados en la  resistencia a los antimicrobianos: Estudio de genes de resistencia, de elementos móviles (plásmidos, transposones, integrones, casetes genéticos,...) y de mecanismos de movilización genética.
3. Estudiar la interrelación entre resistencia a los antimicrobianos y virulencia.
4. Estudiar la epidemiología molecular de las bacterias resistentes, y en particular del problema de la multirresistencia a los antimicrobianos en bacterias de importancia nosocomial.  Estos objetivos se estructuran en torno a proyectos en los que se evalúan microorganismos del entorno local y a proyectos multicéntricos, nacionales e internacionales.

2.Actividad in vitro de nuevos antimicrobianos. Mediante el empleo de métodos de referencia para la determinación de la sensibilidad a los antimicrobianos (antibiograma). El grupo colabora con la Industria Farmacéutica o con entidades públicas de investigación  en  el estudio in vitro de nuevos antimicrobianos en fase preclínica de desarrollo frente a bacterias de importancia clínica.  Además, mediante estos estudios se apoya al desarrollo de Ensayos Clínicos en nuestra Área Sanitaria llevados a cabo con nuevos antimicrobianos.

3.Aplicaciones de la microbiología molecular al estudio de la patogenia, el diagnóstico y la epidemiología de las enfermedades infecciosas. En esta línea perseguimos los siguientes objetivos:

1. Evaluar nuevos sistemas automáticos/semiautomáticos para recuento, identificación, determinación de la sensibilidad y caracterización molecular de microorganismos de interés clínico.
2. Evaluar nuevos métodos basados en técnicas convencionales para identificación y estudio de la sensibilidad a los antimicrobianos de microorganismos de interés clínico, Desarrollar nuevas aplicaciones de métodos moleculares para el diagnóstico y el estudio epidemiológico de las enfermedades causadas por microorganismo.
3. Desarrollar  nuevos métodos, basados en técnicas convencionales, para identificación y estudio de la sensibilidad a los antimicrobianos de microorganismos de interés clínico.